影片片承接第二集的故事，一场为寻觅自由的的漫长惊世战争正式睁开。锡安的人们面临母体机械雄师的入侵，人类也赌上所有武力，策动最大攻势，将整场战争由空中延长到母体的天空，此外，救世主尼奥与宿敌计算机特工史姑娘也将睁开一场绝命…

故事延续上一集的剧情，机械雄师正在集中全力预备入侵隐藏在地底的人类最初都市锡安，另一方面，锡安的群众相信莫斐斯找到的这个救世主尼欧将会应验祭师的预言，终止人类与机械之间的战争，可是却没有人知道，这位救世主正被他自己的梦乡…

面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思惟却意外分手，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不能不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一路寻觅他。一场…

面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思惟却意外分手，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不能不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一路寻觅他。一场…

上回说到NEO同窗终于意想到自己的能力和任务，在中弹“新生”的同时，他也酿成了无所事事“救世主”。结尾的“飞升”象征着人类超级英雄的诞生：NEO将率领锡安基地安基地的群众，打响对机器世界的还击战，并将以胜利者的姿势结束这场战役…