简介：主角工藤新一本来是一名颇签字声的高中生侦察，在目击黑衣组织的地下买卖后，预备追踪时却被黑衣人琴酒袭昏，并被灌下代号为APTX4869（アポトキシン4869）的不明药物。后来虽然幸免于死，但身体就此缩小为小学时期的模样。以后他假名为江户川柯南，在密友阿笠博士的发起下，寄住在两小无猜毛利兰的父亲－蹩脚侦察毛利小五郎家中，继续秘密从事追查黑暗组织的事情，并私下探访获得解药的管道，进展能够恢回复复兴来新一的样貌。与此同时，柯南凭著自己的推理天份，配合阿笠博士为他发现的道具，赞助毛利小五郎成为出名的大侦察。故事内容傍边穿插许多爱情、友情、犯罪、背叛、复仇等情节。
