《仁医2》完结篇延续前篇剧情，汗青依旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的汗青角色悉数登场。南边仁（大泽隆夫(大泽隆夫 饰) 饰）以医生的身份在江户期间生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥(绫濑遥 饰) 饰）的母亲得了那时普遍的脚气病，由此决意建造并提高可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳(内野圣阳 饰) 饰）出现在仁面前请求赞助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的旧事……禁门之变后京都满目疮痍，本来留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长联盟。亲历着幕末日本大势的陡然剧变，仁对自己之于这个期间意思有了极新的认识。在不远的未来，他将重新邂逅寻觅新生活的野风（中谷美纪(中谷美纪 饰) 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一获得解答。
