流传千年的妈祖文化风俗习惯在本剧中获得了大批的展示。福建湄洲岛是其起源地，妈祖文化的内核有热爱祖国、热爱和平、吊民伐罪、无所畏惧、助桀为虐、无私无畏、甘于奉献等，在华人中获得了广为流传，单是台湾地域巨细妈祖庙800多座。 《湄洲岛奇缘》讲述的是台湾规复后的一九四六年，在海南某码头，昔时被日军掳到海南做苦力的台湾劳工林志雄带着身怀六甲的妃耦阿清终于登上了台湾“安祥号”轮船返乡。天有意外风云，“安祥号”在返乡途中落空动力，老天爷抛弃了这条满载劳工的旧船。灾患丛生，屋漏又逢连阴雨，阿清就要生产了。阿清终于生下了林海安、林海祥一对心爱的双胞胎。分手期近，林志雄佳耦把亲生儿子林海祥留在了湄洲岛上。带着难舍的情缘，离开了湄洲返回台湾。从此数十年，隔海想望，两地相思。五十多年后，随台湾妈祖信徒进香团到湄洲岛妈祖祖庙进香摄影，寻亲的林永吉（林海安之子）失足落水被湄洲姑娘杨
