通俗的上班族藤木户健二，他的妃耦在忍者奋斗中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者杀手”，专门追杀忍者，为了复仇而战！以近将来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决战揭开序幕！