威利斯饰演的私家侦察史蒂夫的宠物狗被掳走，自此他的事情和生存成了一团乱麻，为救出爱犬巴迪，史蒂夫与杰森·莫玛饰演的黑帮头子斯派德达成神秘和谈。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意想到自己的能力和任务，中弹新生后，酿成了无所事事的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，遭到人们的热烈欢迎。 此时，…

不久的未来，网络黑客尼奥（基奴李维斯 饰）对这个看似正常的现实世界发生了思疑。他结识了黑客崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），并见到了黑客组织的首领墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）。墨菲斯告知他，现实世界实在是由一个名叫“母体”的…

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