奇鱼县渔女阿狸被选做海神新娘海祭，随船赶到海岛。与海神成亲后，阿狸竟发觉丈夫海神焱是一个半兽人，后来误进密室，发现了冰棺新娘的秘密。离群索居的阿狸整日在海边与一只可以幻化成人形的大鱼为伴，时间久了，两人相爱。阿狸怀孕后被焱囚禁，海大鱼却不知其踪；侍女海芙蓉自动开启囚室，救走阿狸，不曾想，在等待她的，却是一场密谋已久的诡计。
在此电影中，“鲲”的鱼人形象类似以前迪士尼动画片《美女与野兽》中的野兽，尽管外表是兽的模样，但是会说人话，也会有人的情感，除了比较易怒、脾气很差以外，似乎没有甚么和人类纷歧样。而对比《水形物语》，那个鱼人则不会说人话，只能用眼神和动作进行交换，很难被人接受。在《海大鱼》中为了给鱼人一个更接近人类的身份，特地将之神化，其实在电影中多次提到“鲲”的真实身份不是神，它是一种妖，因为捉妖师手中的上古神器是用来解除“妖”施下的法术的，而“鲲”的冷冻术正好可以被这盏灯所破解，因此我们也更为确认了“鲲”的身份是一只妖。
